Toutefois, cela est le cas lors du déplacement à Wigan où Balotelli inscrit le premier but de son équipe, son premier en championnat. Il célèbre son but en montrant son maillot au public du Camp Nou comme Lionel Messi l’avait fait lors du Clásico en Liga au Bernabéu la saison passée et se prend un carton jaune. Il marque son premier but lors de la défaite face à Aston Villa (2-4) en Coupe de la Ligue anglaise le 25 septembre 2012. Malgré son but face au Borussia Dortmund en Ligue des champions, il est très peu titularisé en Premier League.